Βιοπληροφορική ανάλυση τοξικολογικών γονιδιωματικών δεδομένων - Βάρσου, Δήμητρα Δανάη (Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Χημικών Μηχανικών. Τομέας Ανάλυσης, Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Διεργασιών και Συστημάτων (ΙΙ), 2016)
Στα πλαίσια της παρούσας Διπλωματικής Εργασίας αρχικά μελετήθηκε η λειτουργική συμπεριφορά πρωτεϊνικών και γονιδιακών δεδομένων που προέκυψαν από πειράματα εφαρμογής νανοσωματιδίων σε βιολογικά μέσα, μέσω τεχνικών της Βιοπληροφορικής και της Βιοστατιστικής. Σκοπός ήταν να εξετασθούν οι σχέσεις των γονιδιακών συνόλων που ενεργοποιούνται κατά την αλληλεπίδραση των νανοσωματιδίων με τα βιολογικά μέσα, με την τοξικότητα. Ιδιαίτερη έμφαση δόθηκε μάλιστα στη σύγκριση μεταξύ ανιονικών και κατιονικών νανοσωματιδίων. Στη συνέχεια αναπτύχθηκε μεθοδολογία read across, με στόχο την πρόβλεψη της τοξικότητας νανοσωματιδίων, έχοντας ως δεδομένα ένα σύνολο νανοσωματιδίων με γνωστή την τιμή της τοξικότητάς τους και φυσικοχημικούς και βιολογικούς δείκτες για αυτά. Για την ανάλυση αναπτύχθηκε κώδικας σε γλώσσα R και αξιοποιήθηκαν τα πακέτα του αποθετηρίου Bioconductor. Ο συνολικός κώδικας στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε για τη δημιουργία μιας διαδικτυακής εφαρμογής, με το όνομα toxFlow, που πραγματοποιεί τα βασικότερα σημεία της ανάλυσης. H εφαρμογή είναι διαθέσιμη στη διεύθυνση: http://147.102.86.129:3838/ και ο κώδικας είναι βρίσκεται στο GitHub στη διεύθυνση: https://github.com/DemetraDanae/toxFlow.git (doi: 10.5281/zenodo.153981).