Μελέτη και βιοπληροφορική ανάλυση των διαφορετικών τύπων του ιού των Ανθρωπίνων Θηλωμάτων (HPV) - Ατζάμπου, Μαρία (Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών. Τομέας Επικοινωνιών, Ηλεκτρονικής και Συστημάτων Πληροφορικής, 2016)
Η παρούσα εργασία ασχολείται με τη μελέτη και τη βιοπληροφορική ανάλυση των διαφορετικών τύπων του ιού των Ανθρωπίνων Θηλωμάτων, ή όπως είναι ευρέως γνωστός, με τον ιό HPV, με σκοπό τη βελτίωση των τρόπων πρόληψης της HPV λοίμωξης, των μέσων διάγνωσης αυτής καθώς και των μεθόδων θεραπείας, ώστε να μειωθούν τα κρούσματα του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας, για τα οποία ευθύνεται. Ο καρκίνος του τραχήλου της μήτρας είναι η τρίτη πιο συχνή μορφή καρκίνου που παρατηρείται στις γυναίκες, με εκτιμώμενους 265.653 θανάτους κάθε χρόνο παγκοσμίως και με 527.624 εκτιμώμενα νέα κρούσματα ετησίως. Το 75% αυτών οφείλεται στην προσβολή από τον τύπο HPV 16 του ιού και το 15% από τον τύπο HPV 18, δύο από τους υψηλού κινδύνου τύπους του ιού. Το γεγονός αυτό, καθιστά αναγκαία την ταυτοποίηση και την ανάλυση των γονιδιωμάτων του ιού αυτού καθώς, μόνο μελετώντας μια σειρά από πολλά γονίδια μπορούμε να ανιχνεύσουμε τις ιδιαιτερότητες που έχει ένας ιός από έναν άλλον παρόμοιο με αυτόν, ώστε να είμαστε σε θέση να ανταποκριθούμε στις απαιτήσεις που έχει καθένας ή και κάποιοι από αυτούς. Στο πρώτο κεφάλαιο, μελετήθηκε ο τράχηλος της μήτρας στον οποίο εμφανίζεται και αναπτύσσεται η νόσος. Στο δεύτερο κεφάλαιο, αναπτύχθηκαν βασικές βιολογικές έννοιες, ορίστηκε η έννοια του καρκίνου και συνδέθηκε ο ιός των κονδυλωμάτων με την HPV λοίμωξη και τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. Επιπλέον, εξετάστηκε λεπτομερώς η δομή και η μορφολογία του ιού, ο κύκλος ζωής και δράσης του, όπως επίσης, παρουσιάστηκαν και κάποιοι τρόποι διάγνωσης και θεραπείας αυτού. Στο τρίτο κεφάλαιο, παρουσιάστηκε το BLAST, ένα βιοπληροφορικό εργαλείο που χρησιμοποιεί στατιστικές μεθόδους για να συγκρίνει ακολουθίες DNA και με τη βοήθεια του οποίου, μελετήθηκαν και αναλύθηκαν οι διαφορετικοί τύποι υψηλού κινδύνου του ιού HPV. Με τη χρήση φυλογενετικών δέντρων παρουσιάστηκαν ταξινομικά και επιδημιολογικά στοιχεία του. Από τη μελέτη αυτή συμπεράναμε πως οι τύποι του ιού είναι τόσο όμοιοι μεταξύ τους και, παράλληλα, και τόσο διαφορετικοί. Ανάλογα με τα ποσοστά ομοιότητας των γονιδιωμάτων τους, ομαδοποιήθηκαν σε δύο ομάδες και μελετήθηκαν ξεχωριστά, όπως επίσης, συγκρίθηκαν και παραλλαγές του ίδιου τύπου του ιού. Επιπρόσθετα, είδαμε την κοινή καταγωγή τους και την εξέλιξη τους στο πέρασμα των χρόνων. Κατέστη η ανάγκη ύπαρξης ενός ενιαίου συστήματος ονοματολογίας ώστε να μπορούν οι διάφορες μελέτες να αλληλοσυμπληρώνονται και να παράγεται ένα πιο ολοκληρωμένο επιστημονικό αποτέλεσμα. Τέλος, με γνώμονα πως η πρόληψη είναι η καλύτερη θεραπεία, επιβεβαιώθηκε η σπουδαιότητα της γονιδιακής ανάλυσης, αφού προληπτικά εμβόλια με πιο ευρύ ή πιο εξειδικευμένο φάσμα απαιτούνται αλλά και νέες εφευρετικότερες μέθοδοι διάγνωσης. Όσον αφορά στη θεραπεία, η συμβολή της γονιδιακής θεραπείας κατέστη σαφής.