Μοριακή πρόσδεση ενώσεων με δράση στο ένζυμο της τυροσινάσης με χρήση in silico τεχνικών υπολογιστικής χημείας - Καλεμκερή, Όλγα (Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Χημικών Μηχανικών. Τομέας Χημικών Επιστημών, 2014)
Η παρούσα διπλωματική εργασία αναφέρεται στο ένζυμο τυροσινάση, ένα ένζυμο που σχετίζεται με την αμαύρωση των τροφίμων αλλά και την εμφάνιση μελανών κηλίδων στο δέρμα και στοχεύει στην εύρεση πιθανών αναστολέων του. Στο πρώτο μέρος, η διπλωματική περιλαμβάνει μια ανασκόπηση της βιβλιογραφίας σε σχέση με τις λειτουργίες της τυροσινάσης. Συγκεκριμένα περιγράφονται οι ιδιαιτερότητες του ενζύμου, η αλληλομετατροπή μεταξύ των 4 οξειδωτικών καταστάσεων του, η χαρακτηριστική περίοδος υστέρησης, και η δυνατότητα αυτοενεργοποίησης του ενζύμου από κατεχόλες. Ακολουθεί βιβλιογραφική ανασκόπηση των οικογενειών γνωστών αναστολέων της τυροσινάσης, καθώς και περιγραφή της διαδικασίας προσομοίωσης μοριακής πρόσδεσης φαρμακευτικών μορίων. Στη συνέχεια, μελετώνται τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά καινούριων αναστολέων, που παρουσίασαν ενθαρρυντικά αποτελέσματα, και συγκρίνονται με αυτά γνωστών οικογενειών αναστολέων. Τα μόρια που εμφάνισαν ενδιαφέρουσα δράση ανασταλτική ή ενεργοποιητική είναι οι ρεσορκινόλες, οι κατεχόλες και τα καρβοξυλικά οξέα. Στόχος της διπλωματικής εργασίας, ήταν η εύρεση νέων αναστολέων του ενζύμου της τυροσινάσης μέσω μελετών εικονικής σάρωσης (virtual screening) με χρήση υπολογιστικών προγραμμάτων μοριακής πρόσδεσης (in silico docking) . Συγκεκριμένα, πραγματοποιήθηκε σάρωση της βιβλιοθήκης της Sigma Aldrich και επιλέχθηκαν ενώσεις (κατηγορία οξέων) που πληρούν τα κριτήρια για δυνητική αναστολή της λειτουργίας του ενζύμου της τυροσινάσης. Επιπρόσθετα, πραγματοποιήθηκαν δομικές τροποποιήσεις σε συγκεκριμένες ενώσεις με σκοπό την αύξηση της συγγένειας πρόσδεσης. Η διπλωματική εργασία πραγματοποιήθηκε κατά τη διάρκεια του ακαδημαϊκού έτους 2013-2014 στο Ινστιτούτο Βιολογίας, Φαρμακευτικής Χημείας και Βιοτεχνολογίας του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών.